Persekutuan rayon di GKKK Jayapura terbagi menjadi lima berdasarkan wilayah:

Rayon Agape (Wilayah Dok – Pasir 2):
Pembina: Pdt. Evi Mutiara

Rayon Petra (Wilayah Argapura – Hamadi-Wilayah Bambu Kuning – Polimak):
Pembina: Ev. Jenny Tu

Rayon Ebenhaezer (Wilayah Polimak – Tasangka):
Pembina: Pdt. N. Teguh

Rayon Imanuel (Wilayah Hamadi, Entrop, Walikota):
Pembina: Ev. Fery PA.

Rayon Filadelfia (Wilayah Skyland – Waena):
Pembina: Pdt. Yeremia Suebu & Ev. Shizuka W.