Ketika pelayanan di sekolah semakin besar, lulusan SMPK Kalam Kudus yang sudah dibina perlu mengalami pembinaan berkelanjutan, maka keberadaan SMA Kristen Kalam Kudus dipandang perlu untuk diadakan. Setelah melalui proses yang panjang dengan melengkapi surat-surat perijinan pendirian SMA, maka SMA Kristen Kalam Kudus Jayapura berdiri pada 1 Juli 2001. Kegiatan belajar mengajar dimulai dari jenjang kelas 1 dengan siswa-siswa berasal dari Jayapura dan daerah lainnya di Papua.

Dalam perkembangan, SMAK Kalam Kudus Jayapura mengalami banyak pergumulan. Sebagai sekolah baru, SMAK Kalam Kudus harus membuat terobosan-terobosan untuk meningkatkan kualitas pendidikan, peningkatan profesionalisme guru, peningkatan sarana dan prasana pendidikan. Dan menjadi pergumulan yang sangat mendesak adalah Relokasi Sekolah.

Tanggal 7 November 2014, SMA Kristen Kalam Kudus Jayapura telah diakreditasi kembali oleh Badan Akreditasi Sekolah Provinsi Papua dengan predikat : A (AMAT BAIK).