Pada usianya yang keempat tahun, SMA Kristen Kalam Kudus Jayapura telah berhasil meluluskan siswa IPS  sebagai Peringkat Pertama Provinsi Papua. Prestasi membanggakan ini kembali dicapai untuk kedua kalinya, kali ini oleh lulusan tahun ke-8 (2009/2010) dengan predikat sangat memuaskan, yaitu Juara Pertama Provinsi Papua dimana diantara 10.000 siswa peserta ujian SMA Tahun Ajaran 2009/2010 diseluruh Provinsi Papua, terdapat tiga siswa dari SMA Kalam Kudus yang menduduki Peringkat 10 besar, dan semuanya dari Jurusan IPS.  Di susul dengan Jurusan IPA sebagai peringkat ke 2 Provinsi Papua.