Berawal dari Pelayanan Komisi Anak/Sekolah Minggu GKKK Jayapura yang merupakan bagian tidak terpisahkan dalam pembentukan iman dan karakter kristiani anak-anak, maka dengan hikmat Tuhan serta melalui pergumulan dari hamba-hamba  Tuhan (Ev. Lydia Ratna, didukung oleh Pdt. Yusuf Citra) bersama Majelis dan Jemaat (Bpk. Eddy Pranata, dkk. kemudian disusul oleh Bpk. Ishak Montolalu) memutuskan untuk memulai pelayanan Gereja kepada masyarakat Papua di bidang pendidikan.

TK Kristen Kalam Kudus Jayapura didirikan pada tanggal 15 Juli 1985 yang berlokasi di Jl. Ardipura I Polimak. Pada awalnya Taman Kanak Kanak terdiri dari dua kelompok yaitu TK A dan TK B. Kegiatan mereka adalah bermain sambil belajar untuk persiapan untuk masuk SD. Jumlah anak-anak yang mendaftar 55 orang anak.