Badan Pengurus Yayasan Kalam Kudus Indonesia Cabang Jayapura atau disingkat BP YKKI Cabang Jayapura merupakan badan yang dipilih dan ditunjuk oleh Majelis Jemaat Gereja Kristen Kalam Kudus Jayapura sebagai perpanjangan tangan Gereja untuk melayani di bidang pendidikan. BP YKKI Cabang dilantik oleh Yayasan Kakam Kudus Indonesia (YKKI) dengan masa tugas 2 (dua) tahun dan bisa diperpanjang lagi hingga 2 (dua) kali masa periode jabatan.

Susunan Badan Pengurus YKKI Cabang Jayapura periode tahun 2021-2023 adalah sebagai berikut:

Ketua: Herbert Lincoln, S.E
Wakil Ketua: Dr. Ir. Yoniman Ronting, 
Sekretaris: Vonny Persulessy, SKM, MPH
Bendahara I: Emilia Montolalu, S.H.
Bendahara II: Iing Karundeng Tjan
Bid. SDM dan Managemen: Franke Saut Dapottua S.Sos & Any Kusrini ,Amd,Keb
Bid. Pembangunan Infrastuktur dan IT: Lianto Raharjo & Thommy Bhenlie Auguzth Kusbin, S.Kom.
Bid. Administrasi dan Keuangan: Christian Leonard, MAS, BSA & William A Darmawan, S.E 
Bid. Pengembangan Pendidikan: Martinus Manggaprouw
Bid. Kerohanian : Pdt. Evi Mutiara, MA. & Jenny, S.PAK, M.A. in Conseling

Direktur Pelaksana: Ibu Trifosa Lily Susanti, B.Sc., S.Pd