Badan Pengurus Yayasan Kalam Kudus Indonesia Cabang Jayapura atau disingkat BP YKKI Cabang Jayapura merupakan badan yang dipilih dan ditunjuk oleh Majelis Jemaat Gereja Kristen Kalam Kudus Jayapura sebagai perpanjangan tangan Gereja untuk melayani di bidang pendidikan. BP YKKI Cabang dilantik oleh Yayasan Kakam Kudus Indonesia (YKKI) dengan masa tugas 2 (dua) tahun dan bisa diperpanjang lagi hingga 2 (dua) kali masa periode jabatan. 

Susunan Badan Pengurus YKKI Cabang Jayapura periode tahun 2019-2021 adalah sebagai berikut:

Ketua : Yoniman Ronting
Sekretaris : Marthinus Manggaprow
Bendahara I : Ling Karundeng
Bendahara II : Emilia Montolalu
Bid. SDM dan Managemen : Franke Gultom
Bid. Infrastuktur dan pembangunan : Lianto Raharjo
Bid. Administrasi dan keuangan : Herbert Lincoln
Bid. Kerohanian : Evi Mutiara

Yoniman Ronting
Yoniman Ronting
Ketua Yayasan